Поднимаешь в VirtualBox две виртуалки. У первой два сетевых интерфейса, у второй один. Между виртуалками настраиваешь внутреннюю сеть. Например, у первой ip 10.10.100.101, у второй 10.10.100.102.
На первой запускаешь i2pd, в настройках туннелей указываешь
[mycoolsite]
type = http
host = 10.10.100.102
port = 80
keys = mycoolsite.dat
На второй виртуалке ставишь апач с пхп, ну или nginx (что больше нравится)
Всё)
Если сайт поломают, о твоем железе ничего узнать не получится, ip тоже, т.к. вторая виртуалка в инет ходить не умеет (ведь ты ж не будешь это настраивать, правда? :) )
Примерно так же устроен Whonix, но там TOR
https://www.whonix.org/ (КЛИРНЕТ!!!)